1947年1月24日出生于浙江宁海，
1964年考入浙江美术学院附中，班主任系国画大家吴国亭；
1968年毕业于浙江美术学院附中，受“文革”迫害牵连，下放农村；
1968年—1979年，在浙南贫困山区从事农村文化工作和美术创作；
1978年在浙江美院国画系进修，
1979年—1986年，任浙江美术学院中国画系助教；
1986年—1987年，任浙江美术学院学报编辑部主任、讲师；
1987年—1992年，任浙江美术学院中国画系主任、副教授；
1992年—1994年，赴美国伯克利大学东亚研究所访问学者；
1994年—1996年，任中央美术学院研究学部主任、教授、硕士生导师；兼任浙江省美协副主席；
1996年—2001年，任中国美术学院院长、教授、博士生导师；兼任浙江省文联副主席、省美协副主席；
2001年 任全国政协委员、中国美术家协会副主席、中央美术学院院长、中央美术学院教授、中央美术学院博士生导师
2006年 首次在国内举办大型个人画展
2011年 “静水深流——潘公凯作品展”13日在澳门回归贺礼博物馆开幕
2010年 06月18日观潘公凯个展《错构 转念—穿越杜尚》
2013年，3月9日大型展览“潘公凯——弥散与生成”在北京今日美术馆开幕。
2014年9月，卸任中央美术学院院长一职。
2024年12月8日，潘公凯受邀参加复旦大学艺术研究院成立大会，并任首任院长。